Ercilia Pepín nació el 7 de diciembre de 1886 en la ciudad de Santiago de los Caballeros, es hija de don José Pepín y Edelmira Estrella. Por parte de su padre, es sobrina del legendario y audaz político y militar Perico Pepín.
Cuando Ercilia cumplió cinco años, quedó huérfana de madre. A partir de ese momento su abuela Carlota se encarga de velar por ella. Su familia era prominente en la vida política del país, lo que propició que Ercilia recibiera lecciones básicas de ciencias sociales, naturales, matemáticas, francés , física y otras disciplinas, del profesor Salvador Cucurullo, de origen italiano, quien se había radicado en Santiago a partir de 1896. Con ese reconocido educador Ercilia aprendió italiano y francés, mostrando desde temprana edad grandes habilidades para dedicarse al magisterio.
En 1900, A sus 14 años, comienza formalmente su carrera como maestra en una escuela para niñas en el barrio santiaguero de Nibaje. En 1906 es nombrada directora de la Escuela de Niñas del Barrio Marilope. En 1908 asume el cargo de maestra de las áreas educativas de Matemáticas, Ciencias Físicas y Naturales, en la Escuela Superior de Señoritas, sustituyendo a su profesor Salvador Cucurullo.
Ercilia adoptó el sistema de la Escuela Racional del afamado educador antillano Eugenio María de Hostos, que por aquella época comenzaba a extenderse por las comunidades más avanzadas del país. Con ese método pudo organizar mejor las enseñanzas y aplicar reglas de disciplina de extraordinaria trascendencia. Entre las medidas que introdujo se cuentan el uso de uniforme escolar por primera vez en República Dominicana y el trato respetuoso entre maestros y alumnos, denotado por la norma de dirigirse a las alumnas con el título de "señoritas", que se imponía tanto a las propias alumnas como a los profesores.
Ercilia también impulsó el respeto a los símbolos patrios, es decir, la bandera y el escudo, también motivó a algunos músicos para que compusieran y cantaran himnos en honor a ellos. También agregó, como parte del método de Hostos, a la escuela Primaria Artes Manuales o Trabajos Manuales, como era común decir, no solo agregó esto, sino también Gimnasia y el Canto Coreado, introduciendo también asignaturas como el Dibujo y el uso de Mapas. La mayoría de estas medidas fueron criticadas al principio, por sectores de la sociedad, que no comprendían ni aceptaban las medidas innovadoras de Ercilia, que apenas a los 25 años de edad, se había convertido, además de una buena maestra, en una líder cívica de Santiago.
Ercilia Pepín fue la primera mujer dominicana en iniciar el movimiento feminista en el país, elevando su voz en defensa de los derechos de la mujer. También profundizó su campaña patriótica y nacionalista, promoviendo el conocimiento de la enseñanza y los verdaderos valores morales y cívicos. Para ese entonces se había dedicado con firmeza y entusiasmo habitual, a coleccionar animales y plantas y al experimento de disecar aves y animales domésticos.
En agosto de 1913, con Mención de Honor, recibe el título de Maestra Normal, en la escuela de su pueblo natal Santiago. De inmediato empieza una campaña de denuncias ante el Congreso Nacional, con el fin de que se instale en Santiago un Instituto Profesional de Enseñanza Superior. En 1915, por resolución del congreso, se inicia la docencia en dicho instituto. En este instituto se impartían Matemáticas, Derecho, Medicina, Farmacia y Odontología. Ercilia en ese instituto estudia medicina, ya que le gustaba esa carrera. Poco tiempo después al producirse la intervención militar de los Estados Unidos en 1916, el Instituto tuvo que cerrar sus puertas.
Ercilia se opuso a la intervención norteamericana, sumándose a la lucha opositora a este régimen, de esta manera, Ercilia tuvo que realizar varias conferencias, para informar al pueblo de lo que pasaba en el país; en sus temas, se hablaba del amor a la Patria de Duarte, el amor a la tierra, en donde habíamos nacido. Ercilia le exige a los estadounidenses que canten el Himno Nacional y que enarbolaran la bandera, extendiendo esas costumbres a todos los ciudadanos, sin importar el sexo o la edad.
Ercilia es invitada a representar al país en un evento internacional, pero esta se niega, ya que ella no quería ostentar credenciales extendidas por el gobierno militar interventor, representante de un Estado que pisoteaba la soberanía nacional. Ya Ercilia era para entonces no sólo la primera maestra dominicana, sino también la primera mujer intelectual del país.
En 1920 funda el Colegio México de Señoritas. Ercilia ha sido distinguida y homenajeada por figuras intelectuales de la categoría de Fabio Fiallo, Luís C. del Castillo, Félix Evaristo Mejía y Arístides Fiallo Cabral. A ellos también se suman los hermanos Federico Henríquez y Carvajal y Francisco Henríquez y Carvajal, este último, esposo de la primera poetisa dominicana, Salomé Ureña, a quien Ercilia admiraba y glorificaba, que sin haberla conocido, se ha convertido en la continuadora de su patriótica y beneficiosa misión como educadora.
Cuándo se produce la retirada de las tropas interventoras el 24 de julio de 1924, Ercilia Pepín, encabeza junto a las autoridades del país el acto de enhestamiento de la bandera nacional en la Fortaleza de San Luís, de santiago. La enseña tricolor que se utilizó en la fortaleza, fue confeccionada por las jóvenes estudiantes de su instituto. Cien damas de la ciudad, arrodilladas, vieron arriar la bandera de las barras y las estrellas y subir airosa la bandera del 27 de febrero de 1844.
Cuatro años después, las jóvenes que confeccionaron la bandera, fueron invitadas para que confeccionaran la bandera de Nicaragua para ser enviada al general de hombres libres, Augusto César Sandino, que combatía en su tierra contra las tropas norteamericanas. Singular homenaje de la mujer dominicana a los patriotas nicaragüenses. Hermoso gesto de solidaridad internacional, de mano de Ercilia Pepín, lo que elevó aún más su profunda sensibilidad y solidaridad de mujer amante de la paz y el bienestar.
En 1925 fue declarada por el Ayuntamiento de Santiago Hija Benemérita de Santiago. En 1926, realizó un largo viaje por algunos países de América y Europa, y regresó al país a finales de ese mismo año. En 1930 se producen importantes acontecimientos políticos que abren el camino hacia el poder al jefe del Ejército Nacional, Rafael Leónidas Trujillo. Trujillo sentía gran admiración y respecto por Ercilia Pepin. Al morir el profesor Andrés Perezo, en 1932, producto de una emboscada criminal, por sicarios del gobierno, Ercilia colocó una bandera que le había regalado Trujillo a media hasta, en señal de duelo. Trujillo reaccionó, y ordenó que la destituyeran como directora del plantel de la Escuela México.
Ercilia siguió con sus labores docentes en una escuela privada, esta se enfermó de afección renal. Trujillo se ocupó de los gastos de su enfermedad.